Pelamos y picamos finamente la cebolla y los dientes de ajo. Calentamos un fondo de aceite de oliva virgen extra en una cacerola y los pochamos a fuego suave durante 10 minutos.
Mientras tanto lavamos y rallamos los calabacines. Los colocamos en el interior de un trapo limpio y escurrimos todo el agua que puedan contener antes de agregar a la cacerola. Rehogamos un par de minutos e incorporamos el ricotta, la mitad del manchego rallado, el pesto y la nata agria. Condimentamos con el tomillo, sal y pimienta negra al gusto.
Cocemos las placas de pasta siguiendo las instrucciones del fabricante y procedemos a montar la lasaña. Cubrimos la base de un molde rectangular con una capa de salsa de tomate y colocamos encima una capa de pasta. Extendemos sobre ella una capa de relleno.
Repetimos la operación cuantas veces sea necesario hasta agotar el relleno y terminando con una capa de pasta. Cubrimos con el resto de la salsa de tomate y con el queso manchego rallado que hemos reservado.
Cocemos en la parte superior del horno, precalentado a 220ºC con calor arriba y abajo, durante 15 minutos. Si la superficie no estuviera suficientemente dorada, encendemos el gratinador para darle el toque deseado. Dejamos reposar 5-10 minutos antes de servir.